Zgodnie z art. 397 ustawy Prawo wodne organem właściwym w sprawie zgód wodnoprawnych są właściwe organy Wód Polskich.
Organem właściwym w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. – Kodeks postępowania administracyjnego w sprawie zgód wodnoprawnych jest:
1) dyrektor regionalnego zarządu gospodarki wodnej Wód Polskich w sprawach:
a) pozwoleń wodnoprawnych, o których mowa w art. 388 ust. 1 pkt 1:
– jeżeli korzystanie z usług wodnych, wykonywanie urządzeń wodnych lub eksploatacja instalacji lub urządzeń wodnych są związane z przedsięwzięciami lub instalacjami, o których mowa w art. 378 ust. 2a ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 r. – Prawo ochrony środowiska,
– na wykonanie budowli przeciwpowodziowych,
– na przerzuty wody i wykonanie niezbędnych do tego urządzeń wodnych,
– na wprowadzanie do wód powierzchniowych substancji hamujących rozwój glonów,
– na działania związane z rekultywacją wód powierzchniowych lub wód podziemnych,
– na wydobywanie z wód powierzchniowych, w tym z morskich wód wewnętrznych wraz z wodami wewnętrznymi Zatoki Gdańskiej oraz wód morza terytorialnego, kamienia, żwiru, piasku oraz innych materiałów, a także na wycinanie roślin z wód lub brzegu,
– na wprowadzanie do urządzeń kanalizacyjnych ścieków przemysłowych zawierających substancje szczególnie szkodliwe dla środowiska, określone w przepisach wydanych na podstawie art. 100 ust. 1, pochodzących z eksploatacji instalacji związanej z przedsięwzięciami, o których mowa w art. 378 ust. 2a ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 r. – Prawo ochrony środowiska,
– jeżeli korzystanie z usług wodnych lub wykonywanie urządzeń wodnych odbywa się w całości lub w części na terenach zamkniętych w rozumieniu art. 3 pkt 40 ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 r. – Prawo ochrony środowiska,
b) ocen wodnoprawnych, o których mowa w art. 388 ust. 1 pkt 3,
c) pozwoleń wodnoprawnych, o których mowa w art. 389, wymaganych dla przedsięwzięcia, jeżeli jest organem właściwym w sprawie jednego z pozwoleń,
d) pozwoleń wodnoprawnych, o których mowa w art. 389, jeżeli dotyczą korzystania z wód i wykonywania urządzeń wodnych w sztucznych zbiornikach wodnych usytuowanych na śródlądowych wodach płynących, będących przedsięwzięciem mogącym zawsze znacząco oddziaływać na środowisko,
e) decyzji, o których mowa w art. 77 ust. 3 i 8 oraz w art. 176 ust. 4;
2) dyrektor zarządu zlewni Wód Polskich w sprawach pozwoleń wodnoprawnych, o których mowa w art. 388 ust. 1 pkt 1, niewymienionych w pkt 1 lit. a, c i d;
3) kierownik nadzoru wodnego Wód Polskich w sprawach zgłoszeń wodnoprawnych.
Organ właściwy w sprawach pozwoleń wodnoprawnych jest właściwy w sprawach stwierdzenia wygaśnięcia, cofnięcia lub ograniczenia tych pozwoleń.
Organem właściwym w sprawach ocen wodnoprawnych jest organ właściwy w sprawach pozwoleń wodnoprawnych.
Wniosek o wydanie pozwolenia wodnoprawnego, oceny wodnoprawnej, decyzji, o których mowa w art. 77 ust. 3 i 8 oraz w art. 176 ust. 4, a także zgłoszenie wodnoprawne składa się w siedzibie nadzoru wodnego właściwego miejscowo albo najbliższego dla zamierzonego korzystania z usług wodnych lub wykonywania urządzeń wodnych, lub innej działalności wymagającej zgody wodnoprawnej.